Trong các chủ đề mà Thayer quan tâm nghiên cứu, có nhiều vấn đề liên quan đến Việt Nam, bao gồm chính trị (vấn đề ra quyết định của Đảng Cộng sản, vai trò Quốc hội, bầu cử, cải cách luật, sự phát triển của xã hội dân sự, nhân quyền,...), vai trò của quân đội và chính sách đối ngoại (đặc biệt là quan hệ Việt-Trung, quan hệ Việt-Mỹ và quan hệ Việt-ASEAN). Bên cạnh đó, ông cũng quan tâm đến chủ nghĩa khủng bố chính trị ở khu vực Đông Nam Á, các định chế an ninh đa phương ở châu Á-Thái Bình Dương, sự hợp tác quốc phòng của Trung Quốc với ASEAN, biến đổi khí hậu và tác động của biến đổi khí hậu lên an ninh Đông Nam Á.[5]